События Mark of Chaos, не забывающей о кровно-родственных связях с настольной прародительницей, начинаются через год после Великой Войны, в ходе которой силы хаоса наводнили долины Империи. Изгнав врагов в Северные пустоши и намереваясь добить остатки «хаосян», эльфы и имперцы неожиданно понимают, что противник воспрянул и с новой силой вгрызается в только что очищенные от него земли. Грядет новый виток большой войны.